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浙江大学与基诺科技合作在Nature Genetics发表棉花基因组论文

2019-03-19 作者: bianji 【字体: 网友评论

  

    2019年3月18日,基诺科技(Genosys, Inc.)作为共同第一作者署名单位,与浙江大学张天真教授合作完成高质量四倍体海岛棉和陆地棉基因组研究成果“Gossypium barbadense and Gossypium hirsutum genomes provide insights into the origin and evolution of allotetraploid cotton”,论文在线发表于国际权威刊物Nature Genetics上。

  棉花是世界上最重要的生产天然纤维的经济作物。陆地棉能适应恶劣的生长环境而且纤维产量高,占全球棉花产量的90%,被用来生产世界上大部分的服装;海岛棉,又称为超长绒棉(ELS),因其品质卓越的长纤维而备受追捧,主要用以生产高端奢侈品牌服装的高档棉织物。此次合作研究对这两种棉花都进行了超高深度测序,随后采用以色列公司NRGene自主研发也是目前世界上最先进的DeNovoMAGIC3软件进行基因组组装。此次获得的海岛棉和陆地棉基因组,Scaffold N50最终分别达到了23.44 Mb和15.5 Mb,组装指标较之前发表版本提高了20~90倍,连富含重复DNA序列的着丝粒区域也有了显著的提升。同时,全基因组比较分析发现,物种特异性改变的基因表达、结构变异和基因扩张,导致了物种的形成和进化。这些发现将有助于阐明棉花的驯化历史和棉花基因组进化历程。本项研究成果不仅可以帮助育种人员提高棉花纤维质量,增强棉花对不断变化的环境的适应性,而且还可以扩展应用到其他作物上,以便更好地了解作物驯化历史和改进提升作物品质。

  基诺科技此次参与张天真教授的棉花基因组项目,充分发挥和体现了基诺科技强大的生物信息分析能力和技术资源整合能力。基诺提供的基因组注释、进化分析和比较分析服务为张天真教授的四倍体棉花基因组项目提供了核心支持,结合基因组领域最新最前沿的以色列NRGene 独有的DeNovoMAGIC3组装技术、10X Genomics技术、BioNano光学图谱技术和Hi-C技术,使得海岛棉和陆地棉基因组序列的准确性、完整性和连续性均有了显著提升,为后续四倍体棉花育种研究奠定了坚实的基础。基诺科技从项目最初的方案设计,到中期实验开展,再到后期数据分析挖掘等每个环节都致力于为客户提供全球最顶尖的基因组技术与最出色的服务。


  论文以浙江大学胡艳、陈杰丹、方磊、张志远、马卫博士和基诺科技项目负责人牛永超为第一作者,基诺科技资深生物信息分析工程师连晋敏、邹良锋、黄飞为共同作者,浙江大学张天真教授为通讯作者。

关于基诺科技

基诺信息科技(深圳)有限公司(www.genosys-asia.com)致力于基因大数据研究,自主研发了分析功能全面的基因大数据可视化自动分析系统Mendel Analytics,能够快速高效分析二、三代高通量测序数据和单细胞测序数据,让科研工作者轻松拥有自己的生物信息分析平台。同时,基诺科技作为以色列NRGene和美国Phase Genomics的中国官方代理,在二代和三代高通量测序组装、生物信息分析与研发方面合作紧密,成功为多家国内外著名育种公司与科研院所提供专业的基因组测序,组装,基因注释,进化分析和比较分析等服务。

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论文链接:https://www.nature.com/articles/s41588-019-0371-5

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